A Ferrari megtartotta a vezetést a Malajziai Nagydíj utolsó szabadedzésén is, amely mégis aggasztóan ért véget számukra, mert a világbajnoki címért harcoló Sebastian Vettel hajtáshibával kénytelen volt visszadöcögni a bokszba.
A csapat elektromos hibára gyanakodott, ezért úgy döntött, kicseréli a német versenyző motorját – mégpedig a legújabb specifikációra, amelyet eredetileg későbbre tartogattak.
Ez nem jár büntetéssel, mert még csak a negyedik egysége lesz az idén.
Az eltérő időpont miatt a pálya most jóval melegebb volt, mint péntek délután, az edzés végéig 52 fokra nőtt a hőmérséklete. Ráadásul a Pirelli a terhelés miatt megemelte a minimális kötelező keréknyomást, így még könnyebb lett elmelegíteni a gumikat. A Ferrari azonban a megváltozott körülmények ellenére is legyőzhetetlennek bizonyult. Ezúttal Kimi Räikkönen érte el a legjobb időt, bár Vettel pénteki pályacsúcsát ő sem tudta megközelíteni.
A 3. helyen Daniel Ricciardo végzett, aki a Red Bull-lal mindössze 5 századdal bizonyult lassabbnak Vettelnél. Csapattársa, Max Verstappen csak jóval később, forróbb aszfalton teljesítette az időmérő-szimulációját, és 7 tizedes hátránnyal 6. lett a két Mercedes mögött.
Ráadásul az edzés utolsó pillanataiban részese volt egy bizarr incidensnek is, amikor összeütközött Jolyon Palmerrel.
Palmer épp a gyors körét fejezte be, és az utolsó kanyarban megpróbálta belülről kifékezni a lassan haladó Verstappent, de blokkolta a Renault kerekeit, a holland pedig bekanyarodott előtte. Palmer autójának első szárnya kiszakította a Red Bull bal hátsó kerekét, ezért Verstappen gyorsan visszamenekült a bokszba, ám közben tiltott irányból kerülte meg a bejáratnál elhelyezett bóját. Az incidens miatt mindkét versenyzőt beidézték a sportfelügyelők.
A Mercedes ezúttal is küszködött. Míg Valtteri Bottas folytatta a kísérletezést az új aerodinamikai csomaggal, Lewis Hamilton visszatért a régihez, de egyikük sem tudta megközelíteni a Ferrarikat. A finn végzett előrébb, az előnye azonban nem volt jelentős, ráadásul Hamilton azért került mögé, mert a gyors körében besokallt az utolsó kanyar bejáratánál, és emiatt vesztett pár tizedet.
A legjobb tíz közé befért még a két Force India, Felipe Massa a Williamsszel, valamint Stoffel Vandoorne, aki a McLaren régi aero-csomagját használva megelőzte az újjal versenyző Fernando Alonsót.