A Mercedest a Malajziai Nagydíj szombati szabadedzésén sem lehetett letaszítani a tabella éléről, Lewis Hamilton a hétvége eddigi legjobb idejével kényelmes előnnyel verte az egész mezőnyt. Teljesen elégedettek azonban nem lehetnek, mert Nico Rosberg csak a 3. helyen végzett, a pénteken is veszélyesnek tűnő Max Verstappen fért be elé a 2. helyre.
Az edzés elején még az sem volt kizárható, hogy eső zavarja meg az időmérő előtti utolsó gyakorlást, de végül mindvégig száraz pályán körözött a mezőny. Daniel Ricciardo volt az első, aki huzamosabb ideig az élen tudott maradni, de a Mercedesek az edzés közepén átvették az uralmat. Pedig ekkor még közepes gumikat használtak, miközben a Red Bullok már a gyorsabb lágy keveréken köröztek.
A Red Bull végül a lágy gumikon a Mercedes elé tudott kerülni, de Ricciardo ideje nem volt túl meggyőző. Amikor pedig a németek autóira is felkerültek a lágy gumik, a többieknek esélyük sem maradt az edzéselsőségre: Hamilton szűk negyedórával a leintés előtt 1:34.434-es időt futott, amelyet megközelíteni sem tudott senki a hátralévő időben. A címvédő végül több mint 4 százados előnnyel végzett az élen, némi meglepetésre nem Rosberg, hanem Max Verstappen előtt. Ricciardo viszont nem remekelt az edzésen, 1 másodperccel maradt el a legjobb időtől, és csak a 6. helyen végzett.
A két Ferrari a 4. és 5. helyeket csípte el, a mostanában jó formában vezető Kimi Räikkönen megint Sebastian Vettel előtt végzett. A három élcsapat mögött a Force India és a Williams versenyzői csatáztak a pozíciókért, és Carlos Sainz is befért a legjobb tíz közé a Toro Rossóval. Az edzést csak néhány megpördülés zavarta meg időnként, de nagyobb incidensre nem került sor.